燕窝代加工厂的合作方式主要有以下几种：

1. OEM/ODM合作：OEM（Original Equipment Manufacturer）和ODM（Original Design Manufacturer）是代工厂和客户之间比较常见的合作方式。OEM合作通常指代工厂按照客户的要求进行生产，并将产品打上客户的品牌，客户可以在此基础上进行销售。ODM合作则是代工厂根据客户的设计方案进行生产，并将产品打上客户的品牌，客户可以在此基础上进行销售。

2. 代理合作：代理合作是指代工厂将产品生产出来后，由代理商进行销售和推广。代理商在销售过程中可以获得一定的利润，同时代工厂也可以通过代理商进行产品的销售和推广。

3. 品牌授权合作：品牌授权合作是指代工厂授权客户使用自己的品牌进行销售和推广，客户可以在此基础上进行销售，代工厂也可以通过此方式提高自己的知名度和市场占有率。

4. 合资合作：合资合作是指代工厂和客户在某个领域进行合资，共同投入资金和资源，共同开展生产经营活动。代工厂和客户可以共同分享产品的销售利润。

5. 投资合作：投资合作是指代工厂和客户在某个领域进行投资，共同投入资金和资源，共同开展生产经营活动。代工厂和客户可以共同分享产品的销售利润。

以上是燕窝代加工厂常见的合作方式，客户可以根据自己的实际需求和资源状况选择合适的合作方式。